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MINIの２代目は2006年に発表となりました。エンジンはBMW社とフランスのPSAグループとの共同開発による新型エンジンシリーズになりました。このＢＭＷミニクーパーも最初はバルブトロニック技術を採用した直列4気筒DOHC1600ccエンジンを搭載するCooperと、通常のバルブ機構を備えた直列4気筒1600ccツインスクロール直噴ターボチャージャーのCooper Sが発売されたわけでありますが、さらには2007年には直列4気筒1400cc搭載のOneと直列4気筒1600ccターボディーゼル搭載のCooper Dも追加される予定であるということです。
発売については、先にCOOPERとCOOPER Sが英国とドイツで11月に発売が開始されました。 日本では2007年2月24日に発売されました。 2007年4月より、英国をかわきりにベーシックモデルのONEと高性能クーパーディーゼルモデルが発売になりました。 2008年にはワゴンタイプが発売されると予想されています。コンバーチブルモデルはこの先も、継続生産され、販売されるようです。BMWミニクーパーの新しいクーパーモデルは1990年から1991年にかけて、1960年代のクーパーよりも性能的には若干劣るスペックで一時的に再発売されました。
このBMWミニクーパー車種は非常に人気を博し、新しい Cooper マークを付けたMiniは1991年終わりにはフル生産に入りました。1992年からクーパーはインジェクションタイプの1271ccエンジンとなり、これはメインターゲットである日本市場からの要望からといわれています。1997年にはマルチポイントインジェクションエンジンが導入され、ラジエーターが前向きに装着され、安全面での様々な改良が施されました。また、1990年10月に登場したERA社チューニングのERAターボは、大きく出張ったエアロパーツに太いタイヤが威圧感を放った限定車でありました。
1994年にはイシゴニスの甥である ベルント・ピシェッツリーダー、つまり当時のBMW社長の下、BMW がMiniを含むローバーグループを統括することとなり、ヨーロッパの法規に準拠するためにMiniにエアバッグが装備されました。 また、ローバーを傘下にすると同時に全く新しいMINIの開発を始める事となり、膨大な開発予算を計上しています。MG とローバーは新たに設立されたイギリスの合弁企業であるフェニックス社に売却され、ランドローバーはフォードに売却されたのです。BMW は ローバーグループにより開発継続中であったMINIおよびブランド名は自社に残し、現在ではBMWの基で完全に新しいMINIを生産販売しています。